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子宫内膜异位症至今没有一个很明确的病因，具体什么原因引起来的，经过长期的临床观察及实验室研究，认为有四种学说。第一种植学说，是因经血逆流，逆流到子宫内肌层就形成子宫肌层的内膜存活，形成子宫内膜异位症，或者逆流到输卵管卵巢上就形成卵巢巧克力囊肿。第二种就是淋巴及静脉播散，就是这个子宫内膜可以通过淋巴和静脉远处传播，发生异位种植，比如说盆腔以外的器官，四肢肌肉等，但是这种发病率比较低。还有是医源性的，比如说剖宫产或者分娩侧切的时候，子宫内膜在切口处种植。第三种就是体腔内内皮化生学说，是卵巢表面上皮、腹腔腹膜均由胚胎期具有高度化生而来，在长期持续卵巢激素或经血及慢性炎症的刺激下，可能转化为子宫内膜样组织。还有一种学说就是遗传因素，免疫因素与炎症因素这些有关联。